Cinq jeunes espions, venant des cinq coins du monde. Brooklyn, Paris, Sydney, Rio et Kat forment une cellule secrète du MI6. Les City Spies et leur chef — Mère — sont sur le qui-vive : Rutledge, un espion du MI6 qui enquêtait sur un traître surnommé La Pie, a été assassiné. L'équipe part à San Francisco, sur les traces du dangereux agent double... Sa seule piste : les carnets d'observation des oiseaux que Rutledge truffait d'indices cachés. Ces mystérieux documents sont bien évidemment convoités par l'organisation terroriste Umbra, ennemie jurée de l'Agence. Les City Spies vont devoir la prendre de vitesse pour décrypter les codes laissés par Rutledge et tenir l'ennemi à distance. Qui a dit que sauver le monde était facile ?