תומס וחבריו שניצלו מהמבוך וממבחני הכווייה, מוחזקים במטה של נתעב ועומדים בפני מבחנים נוספים, במטרה למצוא תרופה למגפת ההתלקחות המאיימת על המין האנושי. אך האם המטרה מצדיקה את האמצעים? למרות הכוונות הטובות שנתעב מציג לכאורה, תומס אינו מאמין להם. מיואשים וחסרי אמון, תומס וחבריו ניוט, מינהו, ברנדה וז'ורז'ה מתקוממים ובורחים לדנבר, שהיא עתה עיר מוקפת חומה האמורה לשמש מקלט לאלה שאינם נגועים במחלה הקטלנית. אולם ברור לכולם שאחד מהם נדבק ומתנדנד על סף השיגעון. כמו כן ברור שנתעב, אשר הכריזו פרס על ראשם, לא ישקטו ולא ינוחו עד שישיבו אותם חזרה לידיהם, במיוחד את תומס, שהיה הנבחן האולטימטיבי שלהם בכל הניסויים החל מן ההתחלה.

בספר השלישי והאחרון בסדרת הרץ במבוך, תומס זוכה סוף-סוף לקבל את כל התשובות, אבל האם הן יצדיקו את המחיר הנוראי שייאלץ לשלם?