母親の入院で、しばらくの間、田舎の親戚の家に世話になることになった小学６年生の水内洵と５歳の妹・沙菜。姉妹が訪れたその家は、地元の人たちが「風の館」と呼ぶ大なお屋敷だった。
突然、台風のような激しい風が部屋に吹き込んでくるなどの不思議な現象にとまどいながらも、どうにか館での暮らしに慣れてきたある夜、洵の前に少年の幽霊があらわれる。
その翌日、それまで洵と会うことを拒んでいた館主の主、風間琴音が洵たちを自室に招き入れる――。