Une statuette de Bakugan a été découverte dans les ruines d'une cité antique. Lorsque les archéologues présents sur le site sont attaqués par un mystérieux voleur fantôme et son apprenti, Dan et ses amis décident d'intervenir. D'autant qu'Ajit et son Bakugan ne sont peut-être pas étrangers à cette affaire...