Die Ninja sind noch immer gemeinsam mit Maya, Kais und Nyas Mutter in Merlopia. Als Prinz Kalmaar seinen Vater König Trimaar und sein ganzes Volk verrät, müssen die Ninja flüchten. Sie schaffen es gerade noch zu entkommen, doch können sich keine Ruhepause gönnen. Um Kalmaars hinterhältigen Plan, Wojira zum Leben zu erwecken zu verhindern, müssen sie zurück auf die Insel. Werden unsere Helden die Insel rechtzeitig erreichen können?